上新品|迪康金諾去核糖體 RNA 試劑盒

? ? ? ? 我們都知道,核糖體RNA,即rRNA,是細胞內含量最多的一類RNA,rRNA占RNA總量的82%左右。這些rRNA所含的轉錄組信息很少,這就浪費了寶貴的測序資源。同時,高豐度的rRNA,使得mRNA在轉錄本中相對豐度降低,導致低豐度的轉錄本的檢測難度增加。因此,通常在測序之前需要從總RNA中去除rRNA,rRNA的去除效率也
? ? ? ? 迪康金諾最新推出去rRNA模塊DGTM rRNA depletion kit (H/M/R),滿足客戶在rRNA去除的多樣性需求。
采用特殊設計的DNA探針與核糖體RNA(rRNA)雜交,用于去除人、小鼠和大鼠等物種總RNA中的rRNA (包括細胞質28S,18S,5.8S,5S rRNA 以及線粒體12S,16S rRNA),保留mRNA以及其它非編碼RNA;該試劑盒適用于完整的和部分降解的RNA樣本(例如FFPE樣本的RNA),得到的去除了rRNA 的RNA樣本可用于mRNA和非編碼RNA的高通量測序。
貨號: NC901-01
產品優勢
  • 去除rRNA的效率高達 99.3%,優于同類產品
  • 樣本起始量靈活,適用于100 ng - 1 μg 的 total RNA樣本
  • 適用于人、小鼠和大鼠等物種的樣本
  • 適用于所有 RNA 樣本:
  • 部分降解樣本(如:FFPE 樣本)
  • 完整樣本(高質量 RNA 樣本)
  • 通過保留非編碼的和不完整的 RNA,獲得更加全面的轉錄組數據,避免了 oligo d(T) poly(A) mRNA富集方法而造成的損失
▎實驗案例:
(1)rRNA去除效率高:迪康金諾去除 rRNA 試劑盒(DG)的 rRNA 去除效率明顯由于同行業其他公司(NVZ)
? ? ? ? 圖1. 人細胞系樣本不同去除 rRNA 試劑盒使用后 rRNA 的殘留率

2均勻的覆蓋度:
以管家基因ACTB為例,使用DG試劑盒和使用同行業其他公司(NVZ)去除 rRNA 試劑盒建庫獲得的測序數據顯示,DG 去除 rRNA 試劑盒建庫結果與 NVZ 建庫結果基因 5’ 端和 3’ 端的覆蓋度情況表現一致。
? ? ? ? 圖2. 管家基因 ACTB 覆蓋度

(3)高質量測序數據:測序數據結果表明:相較于 NVZ 試劑盒,DG 試劑盒建庫獲得的測序數據質量更優,檢測到的基因數和轉錄本數目更多。
Kit
比對率
(%)
重復率
(%)
殘留
rRNA?(%)
鏈特異性比列(%)
鑒定到的轉錄本數
鑒定到的基因數
NWZ
96.24
0.488
1.57
95.88
37468
25220
DG
97.66
0.378
0.7
99.36
47872
28124
? ? ? ? 圖3. 高 GC 血紅蛋白HBA1基因覆蓋度

? ? ? ? 圖4. 低豐度表達 lncRNA 基因 MALAT1 覆蓋度
(4)高表達相關性:DG 試劑盒與同行業同類試劑盒檢測到的表達基因相關性很高,pearson 相關性系數高達 0.98
圖5. 表達相關性
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