常見問題

什么是轉錄組測序?

轉錄組廣義上指在某一生理條件下,細胞內所有轉錄組產物的集合,包括:mRNA、 ncRNA、rRNA等;狹義上指所有mRNA的集合。轉錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和,主要包括mRNA和ncRNA。轉錄組具有時間特異性、組織特異性、空間特異性等特點。

普通轉錄組測序適用于哪些情況?

普通轉錄組測序主要適用于兩大類:一是不同的生長階段或者發育過程;二是不同的環境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。

全轉錄組測序和全長轉錄組測序有什么區別?

全轉錄組測序是基于二代高通量測序進行的,創建兩種文庫,一種是小 RNA 文庫,一種是去核糖體 RNA 文庫,分別上機測序,可以獲得miRNA、mRNA、lncRNA、circRNA 的信息;全長轉錄組測序是基于三代高通量測序進行的,可以獲得全長的 RNA 信息。

有參轉錄組測序分析中,與參考基因組的比對效率多高才能夠滿足后續分析?

與參考基因組的比對效率與多個因素有關,包括基因組組裝質量、測序質量、有無污染等;一般來說,與參考基因組的比對效率在70%以上時,該基因組可以滿足后續的分析需求。當比對效率低于60%時,需要考慮換參考基因組或者按照無參轉錄組分析策略進行分析。

做完分析,可以通過怎樣的渠道進行溝通交流呢?

可以通過郵箱 marketing@dggene.com 進行項目溝通事宜。

無參轉錄組和有參轉錄組的區別?

如果所研究的物種有組裝注釋質量較好基因組序列,且和該基因組序列比對效率較高,那么可以采用有參轉錄組的分析策略,直接進行分析。反之,則需要按照無參轉錄組的分析策略進行轉錄本組裝,構建unigene庫,然后進行后續分析。

轉錄組測序推薦的測序數據量?

轉錄組測序所需數據量與所研究物種的基因組大小有關,基因組越大,則所需數據量越大。常規物種一般建議6G數據即可。

轉錄組測序必須做生物學重復么?需要幾個重復?

生物學重復是生物實驗所必須的,轉錄組測序也不例外,至少3 次生物學重復。 準備生物重復樣品時,通過對實驗的預先設計和控制,盡可能將與實驗處理無關的背景條件控制在同一水平,減少批次效應對結果的影響。

差異分析的篩選標準默認是多少?是固定不變的么?

差異分析的篩選標準默認為:Fold Change≥2且FDR<0.05。篩選條件要靈活,要根據情況進行參數調整。
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