全轉錄組測序


    全轉錄組測序


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      基于mRNA 與ncRNA 的相互作用分析預測骨肉瘤化療耐藥過程中相互競爭的內源性RNA網絡研究


      非編碼RNA?在腫瘤的增殖、轉移和化療抗性中的作用被廣泛報道,特別是ceRNAcompeting endogenous RNA?)作用機制的轉錄后調控方式。本研究旨在通過全轉錄組測序揭示ceRNA?調控網絡在骨肉瘤化療抗性中的作用機制,為發現新的治療靶點奠定基礎。研究對化療敏感型骨肉瘤細胞系(n=3?)和DXR(化療藥阿霉素)耐藥型骨肉瘤細胞系(n=3?)進行全轉錄組測序,篩選獲得差異表達的mRNAlncRNAcircRNA?miRNA?,構建ceRNA?調控網絡。該研究共鑒定到399?個差異lncRNA80?個差異circRNA2606?個差異mRNA?21?個差異miRNA,然后,對差異的RNA?構建lncRNA-miRNA-mRNAcircRNA-miRNA-mRNA?調控網絡,并對其中的mRNA?分別進行GO?KEGG?功能富集分析,根據富集到的通路,篩選與抗藥相關的mRNA,并利用這些mRNA?構建ceRNA。通過qRT-PCRRIPRNA pull down、雙熒光報告系統等手段,對其中的兩個ceRNA?網絡(lncRNAMEG3/has-miR-200b-3p/AKT2?has_circ_0001258/has-miR-744-3p/GSTM2?)進行了驗證,且證實這些網絡中的RNA?間結合關系及競爭關系是真實存在的。

      圖1 文章研究思路





      2 lncRNA-miRNA-mRNAcircRNA-miRNA-mRNA?調控網絡結果


      圖3 兩個ceRNA 網絡的實驗驗證結果


      參考文獻:Zhu K P, Zhang C L, Ma X L, et al. Analyzing the interactions of mRNAs and ncRNAs to predict competing endogenous RNA networks in osteosarcoma chemo-resistance[J]. Molecular Therapy, 2019, 27(3): 518-530.

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