全基因組甲基化測序


    全基因組甲基化測序


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      甲基化單體型的鑒定助力異質性組織樣本的反褶積和來自血漿DNA?的腫瘤組織來源圖譜繪制

      ? ? ??由于甲基轉移酶或去甲基化酶的作用,哺乳動物基因組中相鄰的CpG 位點可以被共甲基化。然而,甲基化模式的不一致也被觀察到,并發現與隨機或不協調的分子過程有關。本研究專注于對整個人類基因組中顯示高度協同的甲基化區域進行系統的搜索和研究,利用61 組全基因組甲基化(WGBS)數據定義了147888 個緊密耦合的CpG 位點,稱為甲基化單倍型位點(MHBS),并用101 組目標區域捕獲甲基化測序(RRBS)數據和637 組甲基化芯片數據進行了驗證。研究使用甲基化單倍型負荷(MHL)指標,在組織塊水平上進行了組織特異性甲基化分析,進一步確定了用于異質性樣本反褶積的信息塊子集。最后,研究用甲基化單倍型對59 例癌癥患者的cfDNA中腫瘤負荷和組織起源圖譜進行了定量估計。該研究的方法是腫瘤ctDNA?液體活檢與甲基化檢測的全新結合,新的技術能幫助人們更早發現腫瘤的發生位置,意義遠大。



      圖1 人甲基化單體型塊(MHBs)的鑒定與特征結果





      圖2 ?基于甲基化單倍型負荷的組織聚類結果



      參考文獻:Guo S, Diep D, Plongthongkum N, et al. Identification of methylation haplotype blocks aids in deconvolution of heterogeneous tissue samples and tumor tissue-of-origin mapping from plasma DNA.[J]. Nature Genetics, 2017, 49(4):635.

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