全長轉錄組測序


    全長轉錄組測序


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      利用單分子長讀法研究高粱轉錄組

      ? ? ? ?真核生物中可變剪接以及APA 增加了轉錄本及蛋白多樣性,具有重要的調控作用,可能幫助植物適應惡劣環境。高粱是一種具有超強抗逆作用的作物,雖然基因組已經測序,但是上述調控機制依然不明。本研究通過單分子測序,研究影響轉錄復雜性和多樣性的AS 和APA,利用pacbio 測序,結合Illumina測序,取干旱脅迫及對照高粱BTx623 籽苗,構建1-2Kb 和2-6Kb 兩個文庫,分別測序5 個及9 個SMRT cell,獲得1.8M reads。研究揭示了轉錄組全長的亞型,其規模是前所未有的,有11000 多個新的剪接亞型。此外,研究還發現了約11000 個表達基因的APA 和2100 多個新的基因。這些結果極大地豐富了高粱基因的注釋,為研究高粱這一重要生物能源作物的基因調控提供了幫助。同時,研究中開發的TAPIS 分析流程將成為一個有用的,處理來自任何生物體Iso-Seq?數據的分析工具。




      圖1 研究思路





      圖2 可變剪切分析結果




      圖3?APA?分析結果


      參考文獻:Salah E. Abdel-Ghany, et al. A survey of the sorghum transcriptome using single-molecule long reads. NATURE COMMUNICATIONS | 7:11706 | DOI: 10.1038/ncomms11706 (2016).

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