LncRNA測序


    LncRNA測序


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      鯉魚性腺發育早期的潛在調控分子機制研究

      igf3 作為一種新型的 IGF 系統成員,在硬骨魚性腺發育過程中發揮著重要作用。雖然有研究報道了igf3在魚類性腺中的異常表達,但 igf3 是否會影響長鏈非編碼RNA( lncRNAs )在性腺中的表達尚不清楚。本研究通過 RNA 干擾建立了 igf3 基因敲除鯉魚( Cyprinus carpio)模型,然后,對igf3 敲除后的鯉魚性腺進行RNA 測序,對照組和igf3-dsRNA 干擾組分別獲得327,169,410 和306,305,018 的高質量測序數據reads。經分析,得到14199 個lncRNA 和106932 個mRNA,其中,差異表達lncRNA 和mRNA 分別為124 和353 個。本研究數據集為了解igf3 在C. carpio 性腺發育早期的潛在調控分子機制提供了廣泛的資源。


      圖1?C. carpio?生殖腺中lncRNA?mRNA?的鑒定結果





      圖2 差異表達lncRNAmRNA的層次聚類熱圖和火山圖結果



      圖3?差異表達lncRNA?mRNA?qRT-PCR?驗證結果


      參考文獻:Feibiao Song, et al. Long noncoding RNA and mRNA expression profiles following igf3 knockdown in common carp, Cyprinus carpio. Scientific Data volume 6, Article number: 190024 (2019).

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